Viroma de muestras de aire de la estación del metro y el Hospital 20 de noviembre en la Ciudad de México

Abstract

Resumen Los virus son las entidades biológicas más abundantes en la Tierra. Tienen la habilidad de infectar bacterias, arqueas y eucariotas. Son microorganismos que necesitan apoderarse de la maquinaria de una célula hospedera para poder replicarse. Los virus más estudiados son aquellos patógenos para los humanos, de los cuales existen aproximadamente unas 200 especies. Su estudio es difícil, ya que las técnicas tradicionales como cultivos o serotipificación están orientadas a identificar virus específicos, dejando sin describir una gran parte de ellos. En los últimos años, el estudio de metagenomas y el desarrollo de tecnologías de secuenciación de nueva generación han permitido conocer aquella porción que no se podía identificar por métodos tradicionales. Por otro lado, las personas pasan una gran parte de su tiempo en ambientes con las condiciones adecuadas para el establecimiento y desarrollo de agentes infecciosos como virus, estos ambientes tienen la particularidad de ser cerrados, donde el recambio de aire y la poca ventilación permiten la transmisión de enfermedades. En este estudio, a través de secuenciación shotgun, se analizó la composición viral y las variantes genómicas presentes en el aire de la taquilla y en el interior de un vagón de la estación “Hospital 20 de noviembre” del Sistema de Transporte Colectivo del Metro de la Ciudad de México y de una sala de espera de un hospital cercano, los días 12 y 26 de noviembre de 2018. Los resultados muestran que las familias virales más frecuentes son Myoviridae, Adenoviridae y Baculoviridae en todos los sitios de muestreo en ambos ambientes. Particularmente, el fago de Staphylococcus sp, el adenovirus humano del tipo C y el virus de polihedrosis nuclear de Spodoptera littolaris, para cada familia, respectivamente, lo que es interesante ya que bacterias, humanos e invertebrados contribuyen al viroma de estos ambientes. Además, el análisis de variantes presentes en regiones genómicas indica que los virus circulantes en el aire de algunos sitios son similares a las que poseen los virus que circulan en otros sitios ya sean del 12 o del 26 de noviembre. Abstract Viruses are the most abundant biological entities on Earth. They have the ability to infect bacteria, archaea and eukaryotes. They are microorganisms that need to seize the machinery of a host cell in order to replicate. The most studied viruses are those pathogens for humans, of which there are approximately 200 species. Their study is difficult, because traditional techniques such as cultures or serotyping are aimed at identifying specific viruses, leaving a large part of them undescribed. In recent years, the study of metagenomes and the development of next generation sequencing technologies have allowed us to know that portion that could not be identified by traditional methods. On the other hand, people spend a large part of their time in environments with the appropriate conditions for the establishment and development of infectious agents such as viruses, these environments have the particularity of being closed, where the exchange of air and poor ventilation allow the diseases transmission. In this study, through shotgun sequencing, the viral composition and genomic variants present were analized in samples obtained from the area of the the ticket office of the “Hospital November 20” station and inside a train car of the corresponding subway line sof the México’s City Collective Transportation System “Metro”. Additionally, a waiting room of a nearby hospital was also smapled. The samples were taken , on November 12 and 26, 2018. The results showed that the most frequently sampled viral families were Myoviridae, Adenoviridae and Baculoviridae at all sampling sites in both environments. Particularly, the presnece of the phage of Staphylococcus sp, the human adenovirus type C and the nuclear polyhedrosis virus of Spodoptera littolaris were detected. This observation is interesting because it shows thatbacteria, humans and invertebrates contribute to the virome of these environments. In addition, the analysis of variants present in some genomic regions of theses viruses showed that the viruses circulating in the air of some sites are similar to those possessed by viruses circulating in other sites either from November 12 or 26, indicating that these areas are not isolated and therefore virus are able to move freely between them.